Il fosforo è un elemento che viene utilizzato da tutti gli organismi per produrre molecole necessarie alla vita, come il DNA e l'ATP.
Perciò esso è necessario per lo sviluppo dei vegetali. Nei laghi è normalmente presente in concentrazioni molto basse.

A causa dell'inquinamento delle acque, a partire dagli anni 1950 le concentrazioni di fosforo sono aumentate in molti laghi italiani.

Questo ha prodotto una maggiore crescita delle alghe. Quando la crescita delle alghe è eccessiva ("eutrofizzazione"), si possono avere risultati negativi come:

Nel grafico qui sotto, sono riportati le concentrazioni di fosforo totale presenti in 23 laghi naturali italiani, al momento della circolazione invernale, in condizioni "naturali", e nei decenni 1970, 1980 e 1990.
Come si vede, le concentrazioni nei laghi sono più alte che in condizioni naturali, indicando un diffuso inquinamento. Il numero di laghi con concentrazioni molto elevate (eutrofi) è diminuito tra gli anni '70 e '90, ma il numero di laghi con concentrazioni basse (oligotrofi) sta risalendo lentamente ed è ancora lontano dai valori "naturali". Questo significa che le misure di recupero finora attuate sono state significative, ma non sufficienti.

Nel grafico sono rappresentati i dati dei 23 laghi per i quali sono disponibili, nella banca dati LIMNO, valori di fosforo totale misurati alla circolazione invernale nei decenni 1970, 1980 e 1990, e cioè:
Alserio, Annone Est, Annone Ovest, Caldonazzo, Candia, Comabbio, Como, Endine, Garda, Idro, Iseo, Ledro, Lugano, Maggiore, Mantova Inferiore, Mantova Superiore, Mergozzo, Monate, Orta, Piano, Pusiano, Trasimeno e Varese
Le condizioni naturali sono state valutate utilizzando l'Indice Morfoedafico (MEI), come proposto nell'Allegato ? del D.Lgs. 152/99. Questo indice stima la concentrazione di fosforo "originaria" del lago a partire dalla sua profondità e dalla conducibilità elettrica (o dall'alcalinità) delle sue acque. Poiché queste variabili sono pressoché conservative, la stima della concentrazione "originale" di fosforo non varia nel tempo.